因为肾是这样的重要，中医专门建立了“命门学”说来强调它。

历代中医文献，有关命门实质的论述颇不一致，对命门的认识未能统一。而且各个时代的医家就命门的具体内容还不断的在辩论：“命门这个词，始见于《内经》，系指眼睛和睛明穴。如《灵枢.根结篇》中说：“太阳根于至阴，结于命门。命门者，目也。”

将命门作为内脏提出，则始于《难经》。但是命门究竟指的是什么？是一个有实质形体的器官，还是指一种功能？它与肾的关系到底是怎样的？它的位置在何处？历史上大概有这样一些观点：

1、右肾为命门说。

《难经。三十六难》提出：“肾两者，非皆肾也，其左者为肾，右者为命门。”《难经。三十九难》又说：“其左为肾，右为命门，命门者，诸精神之所舍也，男子以藏精，女子以系胞，其气与肾通。”这对命门的重要意义和生理功能作了简单的论述。

从这段论述中可看出它包括着三方面的意义：其一，是说明命门在人体中的重要性，“精神之所舍”，是人体生命的根本，是维持生命的门户，故称命门；其二，是指出了它的功能，具有男子藏精，女子系胞的重要作用，说明人体生殖机能在于命门；其三，是说明肾与命门相通，两者虽有左右之分，但在生理功能上是难以分割的，也就是说命门具有肾的功能，肾也具有命门的功能

2、两肾之间为命门说。

以命门独立于两肾之外，位于两肾之间者，其中以赵献可为首倡。赵氏认为命门的功能，就是真火，主持人体一身之阳气。赵氏与张景岳同为明代时人，命门为真火的论点同出一辙。这种观点一直影响到清代。

3、两肾俱为命门说。

元代滑寿虽承认左肾为肾，右肾为命门，但他又认为：“命门，其气与肾通，是肾之两者，其实则一尔。”至明代，虞抟在《医学正传.医学或问》中则明确指出“两肾总号命门”。

明代张景岳强调说：“命门为元气之根，为水火之宅。五脏之阴气，非此不能滋，五脏之阳气，非此不能发。”他还强调了命门之中具有阴阳、水火二气，从而发挥阴阳、水火的相互制约、相互为用的作用。

4、命门为肾间动气说：此说虽然认为两肾中间为命门，但其间非水非火，而只是存在着一种原发动之机。同时认为命门并不是一个具有形质的脏器。倡此说者首推明代孙一奎，他认为命门的部位虽在两肾之间，但它不过为肾间动气之所在，是一种生生不息，造化之机枢而已。肾间动气虽为脏腑之本，生命之源，但不能认为是火。

虽然对命门的认识虽有不同的见解，但医家们对其生理功能的认识却基本一致。命门的主要功能是元气的根本，是人体热能的发源地，对各脏腑组织器官具有温煦生化作用，能促进各脏腑的功能活动。

另外，命门又与人体的生殖功能、性功能有关。命门火衰，除见到一般肾阳虚的症状外，还可以见到性功能衰弱和生殖功能减退的表现。从临床上看，命门不足的临床表现与命门不足的见证基本一致。在治疗方面，补命门之火的药物，又多具有补肾阳的作用。因此，简而言之，命门之火与肾阳基本相同，之所以作为命门，主要是强调其重要性而已。