很多人认为，《难经》来源于《内经》，是解释《内经》，然而事实却并非如此。在2010年第3期《中医文献杂志》中论述了如下论据，证明《难经》并非解释《内经》。

《难经》并非解释《内经》

第一，《难经》中40余难未指示问难的来源；

第二，《难经》解答的问题虽然针对的是“《经》言”，但是，该内容却不见今本《内经》；

第三，《难经》问难虽然针对《经》中的内容，而且该内容见于今本《内经》，但是，《难经》的解答与今本《内经》中的解说冲突或重复。

至于《难经》所引之“《经》”究竟为何，需要我们进行更深入的研究探讨，但是若不打破“《难经》是阐释《内经》旨意之作”这种观念的束缚，总以为传统医学的理论莫不是发端于《黄帝内经》，就必然会限制我们对这一问题进行更深入的思考。这对于探索早期医学发展的多元化模式，以及更客观的认识《难经》的价值也都是不利的。

那么《难经》中之“《经》言”所指为谁？时贤郭霭春先生《八十一难经集解-序例》说道：“因为所谓‘经言’，不一定都是出自《素》、《灵》。前古医书，如《上经》、《下经》等早亡佚了。《难经》所引‘经言’，安知不出自亡佚的古医经呢？如必以‘经言’就是《素》、《灵》之言，试问《素问-离合真邪论》、《调经论》、《解精微论》等篇所引的‘经言’，又是出自哪里呢？要知道‘《难经》有本之《素》、《灵》者，亦有显然与《素》、《灵》异帜者，间亦有补《素》、《灵》之未备者。’这样说，好象是比较允当的。”

综上所述，《难经》并不是解释《内经》中疑难问题的著作，它与《内经》一样，也是我国古代早期医学著作之一。疑系“扁鹊学派”体系，亦未可知。